Na een bedevaart naar Rome en Assisie bracht hij als kluizenaar zes jaar door aan de Tyrrheense zee, waar zich spoedig twee jonge mannen bij hem voegden. Samen bouwden zij drie kleine huisjes waarbij een kapelletje kwam en een priester af en toe de H.Eucharistie opdroeg. Als gemeenschap van gelijkgezinden legde hij de grondslag voor de orde der Minimen ("Wat gij aan de minsten van mijn broeders hebt gedaan, dat hebt ge aan Mij gedaan," heeft Christus gezegd). De toeloop werd zo groot dat zij in het jaar 1454 een klooster en een kerk bouwden in het plaatsje Cosenza. Paus Sixtus IV (1471 - 1484) bevestigde in het jaar 1474 de orderegels. Franciscus werd de eerste generale overste. De groep ontving een levende regel van armoede, nederigheid en vasten. Hij werd bekend tot over de landsgrenzen heen. 

Koning Lodewijk XI van Frankrijk, liet hem in het jaar 1482 naar Frankrijk komen. Dit kwam door bemiddeling van paus Sixtus IV tot stand. Franciscus wees de zwaar zieke man die op sterven lag op zijn fouten. Lodewijk bekende zijn fouten en stierf vredig in de armen van de oprechte kluizenaar. Door het genezen van het geestelijk leed wist hij vele mensen tot de ware Messias te brengen. De zoon van koning Lodewijk XI, Karel VIII, bouwde voor deze bijzondere man een klooster. Franciscus bleef bijna 25 jaar als raadsman bij koning Karel VIII. De orde breidde zich steeds verder in Europa uit. Zijn kloosterleven moest strenger zijn als dat van zijn medebroeder Franciscus van Assisie. Hij stichtte een tweede orde voor vrouwen, de Paularinnen en een Derde Orde voor leken.In het jaar 1506 werden  deze door de heilige Stoel goedgekeurd. Thans telt zij in Italie nog enkele kloosters. 

Franciscus van Paola stierf in het jaar 1507 in Plessis-les-Tours op Goede Vrijdag en ligt daar in de kloosterkerk begraven. In 1562 werd zijn graf door de Hugenoten verbrand. Paus Leo X (1513 - 1521) sprak in het jaar 1519 de heiligverklaring uit.